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python保存大型 .mat 数据文件报错超出 IO 限制的操作

2021-05-10 22:53:01 来源:易采站长站 作者:

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python保存大型 .mat 数据文件报错超出 IO 限制的操作

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python 保存 .mat 文件的大小是有限制的,似乎是 5G 以内,如果需要保存几十个 G 的数据的话,可以选用其他方式,

比如 h5 文件

import h5py
def h5_data_write(train_data, train_label, test_data, test_label, shuffled_flag):
    print("h5py文件正在写入磁盘...")
    
    save_path = "../save_test/" + "train_test_split_data_label_" + shuffled_flag + ".h5"
    with h5py.File(save_path, 'w') as f:
        f.create_dataset('train_data', data=train_data)
        f.create_dataset('train_label', data=train_label)
        f.create_dataset('test_data', data=test_data)
        f.create_dataset('test_label', data=test_label)
    print("h5py文件保存成功!")
def h5_data_read(filename):
    """
        keys() : 获取本文件夹下所有的文件及文件夹的名字
        f['key_name'] : 获取对应的对象
    """
    file = h5py.File(filename,'r')
    train_data = file['train_data'][:]
    train_label = file['train_label'][:]
    test_data = file['test_data'][:]
    test_label = file['test_label'][:]
    return train_data, train_label, test_data, test_label

补充:通过python 读MATLAB数据文件 *.mat

背景

在做deeplearning过程中,使用caffe的框架,一般使用matlab来处理图片(matlab处理图片相对简单,高效),用python来生成需要的lmdb文件以及做test产生结果。

所以某些matlab从图片处理得到的label信息都会以.mat文件供python读取,同时也python产生的结果信息也需要matlab来做进一步的处理(当然也可以使用txt,不嫌麻烦自己处理结构信息)。

介绍

matlab和python间的数据传输一般是基于matlab的文件格式.mat,python中numpy和scipy提供了一些函数,可以很好的对.mat文件的数据进行读写和处理。

在这里numpy作用是提供Array功能映射matlab里面的Matrix,而scipy提供了两个函数loadmat和savemat来读写.mat文件。

下面是一个简单的测试程序

具体的函数用法可以看帮助文档:

import scipy.io as sio 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 
 
#matlab文件名 
matfn=u'E:/python/测试程序/162250671_162251656_1244.mat' 
data=sio.loadmat(matfn) 
 
plt.close('all') 
xi=data['xi'] 
yi=data['yi'] 
ui=data['ui'] 
vi=data['vi'] 
plt.figure(1) 
plt.quiver( xi[::5,::5],yi[::5,::5],ui[::5,::5],vi[::5,::5]) 
plt.figure(2) 
plt.contourf(xi,yi,ui) 
plt.show()  
sio.savemat('saveddata.mat', {'xi': xi,'yi': yi,'ui': ui,'vi': vi}) 

示例2

import scipy.io as sio
import numpy as np
 
###下面是讲解python怎么读取.mat文件以及怎么处理得到的结果###
load_fn = 'xxx.mat'
load_data = sio.loadmat(load_fn)
load_matrix = load_data['matrix'] #假设文件中存有字符变量是matrix,例如matlab中save(load_fn, 'matrix');当然可以保存多个save(load_fn, 'matrix_x', 'matrix_y', ...);
load_matrix_row = load_matrix[0] #取了当时matlab中matrix的第一行,python中数组行排列
 
###下面是讲解python怎么保存.mat文件供matlab程序使用###
save_fn = 'xxx.mat'
save_array = np.array([1,2,3,4])
sio.savemat(save_fn, {'array': save_array}) #和上面的一样,存在了array变量的第一行
 
save_array_x = np.array([1,2,3,4])
save_array_y = np.array([5,6,7,8])
sio.savemat(save_fn, {'array_x': save_array_x, 'array_x': save_array_x}) #同理,

鉴于以后的目标主要是利用现有的Matlab数据(.mat或者.txt),主要考虑python导入Matlab数据的问题。以下代码可以解决python读取.mat文件的问题。

主要使用sicpy.io即可。

sicpy.io提供了两个函数loadmat和savemat,非常方便。

# adapted from http://blog.csdn.net/rumswell/article/details/8545087
import scipy.io as sio  
#import matplotlib.pyplot as plt
from pylab import *
import numpy as np   
 
matfn='E:\\Pythonrun\\myuse\\matdata.mat'   # the path of .mat data
data=sio.loadmat(matfn)  
xx=data['matdata']
figure(1)
plot(xx)
show()

以下代码是读入txt数据并转换成数组,方法比较笨,更有效的方法待研究。

from numpy import * 
def file2list(filename):  

    fr = open(filename)  
    array = fr.readlines() #以文件中的每行为一个元素,形成一个list列表  
    num = len(array)  
    returnMat = zeros((num,3))#初始化元素为0的,行号数个列表,其中每个元素仍是列表,元素数是3,在此表示矩阵  
    index = 0   
 
    for line in array:  
        line = line.strip()#去掉一行后的回车符号  
        linelist = line.split(' ')#将一行根据分割符,划分成多个元素的列表  
        returnMat[index,:] = linelist[0:3]#向矩阵赋值,注意这种赋值方式比较笨拙  
        index +=1  
    return returnMat
 
fname = 'E:\\Pythonrun\\myuse\\num_data.txt'
data= file2list(fname)

补充:Python 读写 Matlab Mat 格式数据

1. 非 matlab v7.3 files 读写

import scipy.io as sio
import numpy
# matFile 读取
matFile = 'matlabdata.mat'
datas = sio.loadmat(matFile)
# 加载 matFile 内的数据
# 假设 mat 内保存的变量为 matlabdata
matlabdata = datas['matlabdata']
# matFile 写入
save_matFile = 'save_matlabdata.mat'
save_matlabdata = np.array([1,2,3,4,5])
sio.savemat(save_matFile, {'array':save_matlabdata})

2. matlab v7.3 files 读取

如果 matlab 保存 data 时,采用的是 ‘-v7.3',scipy.io.loadmat函数加载数据会出现错误:

File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/io/matlab/mio.py", line 64, in mat_reader_factory
    raise NotImplementedError('Please use HDF reader for matlab v7.3 files')
NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files

可以采用:

import h5py
with h5py.File('matlabdata.mat', 'r') as f:
    f.keys() # matlabdata.mat 中的变量名
datas = h5py.File('matlabdata.mat')['matlabdata'].value

以上为个人经验,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持易采站长站。如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教。

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