使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

2020-07-01 13:00 来源:易采站长站 作者:于丽 点击: 评论:

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原标题:使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。

其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。

Nibabel的安装

可以通过pip进行安装

pip install nibabel

简单的图像读取和存储操作

import os
import nibabel as nib

# 读取图像
path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz'
img=nib.load(path)
# 查看图像的长宽高
img.shape
# 图像进行仿射变换
img.affine.shape
# 保存图像
path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz'

img.to_filename(path_save)
或者
nib.save(img,path_save)

补充知识:使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项

SimpleITK

Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,但是使用的时候还需注意,尤其在图像读取时一定要注意维度。

读取NII格式的图像

#读取并显示NII图像文件
from matplotlib import pyplot as plt
import SimpleITK as sitk

img_path = 'res.nii.gz'
I = sitk.ReadImage(img_path)
img = sitk.GetArrayFromImage(I)
plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis
plt.show()

上面的代码很简单,不多做解释,加入我们在最后加上

print(img.shape)

如果输出(300,200,120),其中分别表示该三维体数据在Z轴,Y轴,X轴上的尺寸,这和MATLAB以及ImageJ都有点不同,后续处理一定要注意。

以上这篇使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持易采站长站。

【易采站长站编辑:秋军】